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GFAJ-1 o Por qué es Relevante Una Bacteria que Puede Incorporar Arsénico

AleieX — Mon, 06 Dec 2010 14:48:30 +0000

GFAJ-1 crece con Arsénico

Hace unos días la NASA anunció que revelaría un descubrimiento que revolucionaría la forma en que los astrobiólogos buscan vida en otros lugares del universo.

Por supuesto que esta declaración provocó un gran alboroto y muchas especulaciones en todo rincón de Internet, algunos incluso se aventuraron a sugerir que revelarían evidencia de alguna forma de vida fuera de la tierra o evidencia de reacciones bioquímicas en atmósferas lejanas y todo esto contribuyó a que las expectativas para el anuncio oficial se elevaran tanto que al revelarse la noticia pareciera que hubo una gran decepción entre quienes esperaban conocer a los extraterrestres y claro, “tal vez nos preparan para otra cosa” .

Lago Mono, donde se obtuvieron las muestras (Foto de NASA)

Lo que la NASA reveló fue el descubrimiento de la bacteria GFAJ-1, que tiene la particularidad de ser terrícola y de poder utilizar el Arsénico como sustituto para el Fósforo en su DNA, Lípidos y otras biomoléculas que son piezas clave para la vida como la conocemos y que dependen del Fósforo para “funcionar como funcionan“. Algo insólito para el resto de los terrícolas a los que nos hace daño el Arsénico.

Es importante mencionar que para llegar a este descubrimiento el equipo científico a cargo de la investigación cultivó la bacteria de la familia Halomonadaceae (y otras también de la misma zona)hallada en el lago Mono (Estados Unidos) en el laboratorio, a un grupo le sustituyeron los elementos disponibles en el medio de cultivo hasta concentraciones altas de Arsenato (Sales de Arsénico) y aún en este medio continuaron creciendo las colonias de bacterias.

Una bacteria que amplía nuestro conocimiento de la vida en la tierra y el universo

Bioquímicamente los organismos de la tierra utilizan seis elementos principales para formar sus biomoléculas: Carbono (C), Hidrógeno (H), Oxígeno (O), Nitrógeno (N), Fósforo (P) y Azufre (S), estos elementos tienen las características químicas que facilitan la formación de moléculas que, a su vez, permiten que la vida sea posible en todas las formas en que la conocíamos.

Uno de los postulados básicos de la biología es que todos los seres vivos están formados por células. Todas las células tienen una membrana que las separa del ambiente y permite que en su interior se lleven a cabo las reacciones necesarias para que ocurra la vida. Estas membranas están formadas por un tipo especial de lípidos llamados “Fosfolípidos” precisamente porque tienen Fósforo y es este elemento el que le da a los fosfolípidos la capacidad a la membrana de separar a la célula de su ambiente.

Los fosfolípidos le dan a la membrana celular gran parte de sus propiedades

Los ácidos nucleicos (DNA, RNA) son las biomoléculas que forman la base para que el genoma de un ser vivo funcione. Su estructura química es la de un polímero formado por “una base nitrogenada, un azúcar pentosa” y… adivina… … un grupo Fosfato cuyo elemento principal es el Fósforo.

El Fósforo es un elemento importante en la estructura del ADN

Y los anteriores son sólo dos ejemplos de la importancia del fósforo para la mayoría de los terrícolas, así que la relevancia de este hallazgo no es que GFAJ-1 pueda sobrevivir en un ambiente tóxico, eso lo pueden hacer otras especies de microorganismos, sino que incorpora este elemento, demostrando de esta forma que otras formas bioquímicas son posibles para que la vida se desarrolle exitosamente y esto es lo que revoluciona la forma en que se busca la vida fuera de nuestro planeta y también amplía la definición de la vida en la tierra.

Hasta que se hizo público este descubrimiento la búsqueda de vida extraterrestre estaba basada en la evidencia que tenemos de cómo es que la vida puede sobrevivir en el único lugar del universo donde hasta ahora sabemos con certeza que hay vida.

En ciencia ficción se ha propuesto más de una vez el que haya seres en otros mundos que tengan una bioquímica análoga a la nuestra, pero utilizando otros elementos; típicamente seres que usan silicio en vez de carbono, pero no era viable buscar a estos seres mitológicos si no teníamos evidencia sólida de que este tipo de seres pudiesen existir y por lo tanto la búsqueda estaba restringida a lo que se sabía que era posible.

Cómo buscar vida extraterrestre?

Para seguir entrando en contexto con lo que significa este descubrimiento, en TED han escogido cinco charlas sobre la búsqueda de vida extraterrestre que debes ver.

Así que como puedes ver, este hallazgo va más allá de los hombrecitos verdes, es una pieza clave en nuestra búsqueda por comprender la vida en la tierra que es la base que nos ayudará a buscar en los lugares adecuados donde podrían estar quienes cohabitan el universo junto con nosotros.

Más información:

Charlas TED: Peter Reinhart nos habla sobre el Pan

AleieX — Tue, 28 Sep 2010 17:35:02 +0000

Peter Reinhart es experto panadero

¿Qué hace a un delicioso pan ser un delicioso pan? ¿Cómo es que la harina y el agua hacen esa masa elástica? ¿Por qué el pan horneado huele riquísimo?

Peter Reinhart además de no tener una entrada en la Wikipedia, da clases de panadería fungiendo como profesor en la universidad Johnson & Whales, especializada en las carreras de las ciencias culinarias y de la hospitalidad.

Frecuentemente utiliza el proceso y la ciencia del pan para hacer metáforas sobre el significado y la significancia de la vida. Esta vez te presento el video de la conferencia que dio para TED, definitivamente vale la pena si te gusta hornear tu propio pan, ¡pero más si te encanta comer pan!

Te recomiendo que antes de comenzar a ver esta enriquecedora charla vayas por un pan o dos, de preferencia compra el más rico que puedas encontrar porque de otra forma vas a estar salivando sin parar.

[Ve el video: Peter Reinhart habla sobre el pan]
(-( Subtítulos dando click en -view subtitles- y luego seleccionando -spanish- para español. )-)

Seguramente ahora quieres ir a hornear pan, así que ¡ve a precalentar el horno!

Sinfonía de la Ciencia

AleieX — Fri, 26 Feb 2010 04:00:36 +0000

Cantos Científicos en la Sinfonía de la ciencia

Cuando alguien que hace música electrónica decide hacer cantar a los científicos agregandole música a sus palabras, nace la Sinfonía de la Ciencia, el más reciente proyecto de John Boswell que comenzó como un pequeño tributo a Carl Sagan y Steven Hawking, luego de haber quedado maravillado con la serie Cosmos.

De acuerdo con Boswell, la serie Cosmos está repleta de pensamientos profundos que a la gente le gustaría escuchar con música de fondo y, desde luego, una canción. Seleccionó y mezcló algunas citas de Carl Sagan y le agregó algunas del documental El Universo de Steven Hawking, así nació la ecuación que da origen al video viral titulado “A Glorious Dawn” (Un amanecer glorioso):

Música Electrónica + Pensamientos Profundos + Científicos Cantando = Video Viral

[ Video: A Glorious Dawn (con C. Sagan y S. Hawking)
(puedes poner subtítulos en español con tu cursor sobre el botón "cc")]

Pero ¿cómo hacer que cante alguien que ya murió? … pues usando la tecnología existente, que no es una máquina-hacedora-de-zombies, sino el útil y controversial programa Auto-Tune, que ajusta y corrige los tonos de la música (o canción) que le pongan enfrente. El mismo programa que se ha usado para que algunos artistas pop canten bien y bonito.

Después de que este video se volviera viral, Boswell siguió seleccionando y editando las voces de Sagan y otros científicos como Richard Dawkins, David Attenborough, Richard Feynman, Michio Kaku y otros (más los que sigan). Todos los videos de the Symphony of Science los puedes ver directamente en su página, donde también puedes descargar versiones alternativas de A Glorious Dawn, así como las canciones (en varios formatos, como mp3 o FLAC) y/o la parte instrumental de cada una.

Una de las canciones que más me han gustado de este proyecto es Our Place in the Cosmos (Nuestro Lugar en el Cosmos), mismo que te mostraré a continuación, junto con el último video que salió: The Poetry of Reality (la Poesía de la Realidad), aunque tal vez habría preferido recomendarte The Unbroken Thread.

[ Video: Our Place in the Cosmos (puedes ponerle subs en español :p )]

El objetivo del proyecto, según J. Boswell es: “spread scientific knowledge and philosophy through musical remixes.” [Esparcir el conocimiento y la filosofía científica a través de mezclas musicales]

[Video: Poetry of Reality (todavía no hay subtítulos, ahi luego)]

Ya con esto me despido por hoy. No olvides ir al sitio oficial de sinfonía de la ciencia para ver los videos y descargar las canciones

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

AleieX — Fri, 29 Jan 2010 06:45:32 +0000

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

Accidentalmente me topé con BenchFly, un tipo de red social o quizás una sopa de videos para científicos. La idea es (según comprendo) crear una colección confiable de videos con técnicas, protocolos, tips y quizás hasta chistes enfocados a las ciencias de la vida (aunque quizás falte que algún ecólogo y varios físicos metan mano).

Así si un día dudas sobre la forma correcta de hacer algo en el laboratorio (lo cual es vital) podrías ver a alguien haciéndolo en vez de sólo consultar el protocolo que podría ser algo confuso si es tu primera vez (o si te quedaste solo en la noche y no hay algún sempai a quien preguntar).

Cómo cargar las muestras en un gel para electroforesis

Todavía faltan muchas técnicas, esto es demasiado nuevo como para cubrirlo todo (aunque “todo” es cercano a imposible :p) pero seguramente será muy útil para muchos (¡a mi me habría sido útil!).

Por ejemplo, apuesto a que la primera vez te habría gustado que alguien te explicara detalladamente cómo cargar tus muestras en un gel para hacer electroforesis, o tal vez cómo llenar la “cosa esa” donde va el gel o quizás el gel para electroforesis en sí.

Diluir lo diluído para tener... menos

Por el momento hay videos muy básicos, como aquel en el que explican cómo calibrar una micropipeta (el mejor amigo del biólogo molecular) o cómo hacer una dilución en serie (pero de las de verdad, no las homeopáticas), aunque puedes encontrar algunos tan avanzados como ese en el que explican cómo dejar un comentario… bueno, ¡hasta los científicos deben saber dejar comentarios! o si no no podrían ayudarnos a salvar al mundo o… o… lo que sea que hagan.

Probablemente te sorprendas al descubrir que todo está en inglés, pero mientras no haya más hispanoparlantes dispuestos a hablar español tendremos que seguir intentando entendernos con las lenguas de otros.

¡Ah! también se supone que debería haber videos con consejos sobre la vida pero… parece que todavía están trabajando en ello o lo más seguro es que nadie sepa lo suficiente como para atreverse a hablar al respecto y algo más que puedes encontrar son videos ociosos/chistosos pero para no perder el ritmo… todavía falta que se acumulen un poco más.

Creación: La Película de Darwin

AleieX — Mon, 03 Aug 2009 16:30:00 +0000

El 25 de Septiembre (2009) se estrena en Reino Unido la película Creación (Creation), que se tratará sobre la vida de Darwin (Carlos, no Erasmo).

A continuación te muestro los avances de la película, se ve interesante, pero creo que lo prudente será esperar a que la haya visto para poder juzgarla.

Al parecer el tema central será cómo fue difícil para él decidirse por publicar su libro, lo cual suena interesante… pero también me da la impresión de que el “fantasma” de su hija lo acosará, ya que está basado en el libro Annie’s box. Espero que se use como una metáfora si es así.

Por lo menos sabemos con certeza que los admiradores de Jennifer Connelly tendrán pretexto para ir al cine aunque resulte un fiasco :p

TED Talks: Julia Sweeney – Dejando ir a dios

AleieX — Tue, 23 Jun 2009 16:40:43 +0000

Julia Sweeney en TED

Siguiendo con las charlas TED que he traducido, es el turno de Julia Sweeney; una actriz que presenta varios monólogos cómicos (o al menos entretenidos), algunos autobiográficos, como Letting go of god (Dejando ir a dios), del que TED nos permite ver los primeros 15 minutos durante los que ella nos relata muy amenamente cómo es que se fue dando cuenta de que el universo puede funcionar sin ayuda divina. Un muy buen ejemplo de pensamiento crítico que además es muy divertido.

Todo comenzó cuando cumplió siete años… o cuando creía cumplir siete… mejor sigue leyendo para ver el video y algunos comentarios:

[Video: Charla TED: Julia Sweeney en: Dejando ir a dios.]
Recuerda activar los subtítulos en español.

¿Qué te pareció esta plática? Yo aún recuerdo cuando me enteré que Santa Claus era una mentira, me lo dijo uno de mis primos y en cuanto terminó de confesarme tal barbaridad entendí por qué la última navidad, cuando ya todos estábamos en el coche para ir a cenar a casa de mi abuelita, mi mamá se bajó del coche diciendo:

-¡oh, no apagué la luz del comedor!-,
a lo que le dije -no te preocupes mami, yo la apagué-
pero ella insistió -sí, pero voy a ver que esté bien cerrada la puerta-
y le dije -pero yo vi que mi papá la cerró con llave-
ella respondió que de todas formas iba a ir porque tenía que hacer “algo”… lo que era sospechoso, pero no entendí qué pasaba.

Cuando volvimos esa noche, ahí estaban los regalos, pero antes de entrar mi papá quitó el seguro de la puerta con la llave y las ventanas estaban cerradas porque hacía frío y nosotros no teníamos chimenea así que… ¿cómo carambas entró el condenado santa? ¿acaso nuestra casa era muy insegura?

Esa noche estaba muy emocionado porque el amable gordito me regaló varios juegos de nintendo, así que no tenía tiempo para pensar en esas cosas tan sospechosas, seguramente era magia. Pero cuando mi primo me confesó la terrible verdad de los papás y santa clós, todo cobró sentido, era muy obvio y demasiado lógico como para ser mentira, además ¿Santa tenía algún tipo de convenio con Nintendo? En fin, así fue mi primer despertar.

Desde que vivo solo, me ha tocado recibir a los misioneros religiosos, en especial a los testículos de Jehova y me he divertido mucho con sus pláticas. Aún recuerdo cuando les dije que era Tarvuista y me amenazaron de muerte.

¿Y tú cómo descubriste que Santa no existe? ¿te han visitado los misioneros?

Mary Roach: 10 cosas que no sabías del orgasmo

AleieX — Thu, 18 Jun 2009 18:00:15 +0000

Mary Roach en TED

El título se explica solo. Esta es otra charla TED en la que colaboré en la traducción como revisor, ya que alguien debe corroborar lo que haga el traductor.

La periodista Mary Roach nos comenta 10 cosas curiosas sobre los orgamos, entre las que incluye algunos mitos, datos curiosos y quizás algo inesperado… sigue leyendo para ver el video.

Diez cosas que no sabías sobre los orgasmos:

Masturbación In Utero
No necesitas genitales
Podrás tenerlos cuando estés muerto

… mejor velo por tu cuenta:

[Ve el video: Mary Roach: 10 cosas que no sabías del orgasmo en TED]
Recuerda: Puedes ponerle subtítulos en español

Continuando los 10 datos curiosos:

Los orgasmos pueden causar mal aliento (Mito)
Curan el hipo (posible)
Un orgasmo puede aumentar la fertilidad (controvertido)
Los criadores de cerdos les provocan orgasmos
Las hembras de los animales se divierten más de lo que piensas
Estudiar el orgasmo humano en el Lab no es fácil…
… Pero es entretenido.

¿Qué te ha parecido? ¿De verdad no lo sabías? ¿ya quieres un orgasmo?

TED Talks: Brian Cox habla sobre el super colisionador del CERN

AleieX — Wed, 17 Jun 2009 17:35:48 +0000

Brian Cox habla sobre el LHC en TED

Otra interesante charla en TED, esta vez el ya famoso físico Brian Cox platica sobre el Gran Colisionador de Hadrones (LHC, por sus siglas en inglés) del CERN. ¿Por qué construir esta gigantesca máquina? ¿Qué esperan descubrir? ¿Para qué?…

En esta ocasión el traductor fue Ajmme Kajros, quién tiene un blog bastante interesante: Anamnesis. Yo participé como revisor de su traducción y así es como finalmente todo el mundo podrá ver la plática con subtítulos en español.

Sigue leyendo para ver la charla y no olvides dejar tus comentarios.

[Ve el video: Brian Cox habla sobre el Super Colisionador del CERN]
¡No olvides que puedes activar los subs en español!

Encuentro algunos puntos de esta charla bastante interesantes, como cuando menciona la frase de E. Rutherford “Toda ciencia es física o filatelia“, que aparentemente menosprecia a las demás ciencias, pero creo que la justificación que ofrece luego es bastante acertada pues podemos coleccionar datos y después interpretarlos, pero hasta que no se interpreten no se hace ciencia.

Otra cosa que me llamó la atención fue la ecuación que muestra a las partículas de Higgs, sin dichas partículas el modelo matemático no funciona, sin embargo eso forma una predicción basada en los datos obtenidos durante mucho tiemo de investigación y la mejor forma de demostrar esta teoría es… construyendo y activando el LHC.

“Las partículas Higgs no han sido descubiertas, pero son necesarias para que las matemáticas [de esta ecuación] funcionen”
B. cox

Si se descubren estas partículas, entonces el modelo era correcto y uno de los propósitos de la ciencia, describir y predecir hechos con cierto grado de certeza, se cumple.

“Si esta idea es correcta, entonces tenemos que descubrir a estas partículas de Higgs en el LHC, si no es cierto, [...] lo que sea que haga el trabajo de las partículas de Higgs tiene que mostrarse en el LHC.”
B. Cox

Por el contrario, si no se descubren, entonces se podrá ver qué es lo que está ocurriendo o se podrá ver si hay otra(s) partículas que cumplen la función de las H o incluso podría descubrirse que no existen.

Si dichas partículas no existen y eso se demuestra en los experimentos del LHC, entonces no será un fracaso para la ciencia, sino un triunfo quizás más grande pues el modelo requerirá de una revisión exhaustiva o tal vez deba volverse a formular desde el principio, representando así un cambio en el paradigma actual.

“Existe una teoría llamada supersimetría, [...] con esta teoría encontramos que las fuerzas de la naturaleza parecen unificarse en el momento del big bang. una profesía absolutamente hermosa, el modelo no fue construido para hacer eso, pero puede hacerlo.”

La anterior es otra de las frases que llamaron mi atención, la teoría de la supersimetría predice un resultado viable, sin embargo para demostrar que esta teoría funciona, será necesario llevar a cabo los experimentos que se proponen en el LHC y así como te mencioné antes, se cumpliría uno de los más nobles propósitos de la labor científica.

¿Qué te pareció la plática? ¿Qué piensas sobre el LHC? ¿Crees que se encuentre a las partículas de Higgs?

TED Talks: James Watson en cómo descubrió el ADN

AleieX — Tue, 16 Jun 2009 16:35:24 +0000

James Watson en TED

En las primeras entradas de este blog, por ahí de Junio de 2007, te mostré el video de la charla TED de James Watson, codescubridor de la estructura del ADN en la que relata cómo fue que llegaron a hacer el descubrimiento.

Ahora TED introdujo un programa de traductores voluntarios para ponerle subtítulos a sus charlas y así hacer más fácil su distribución.

Ya que soy asiduo visitante de TED y como me encantan estas pláticas, decidí inscribirme al programa, me convertí en traductor oficial y traduje (doh!) este video tan interesante (y otros que están en proceso de revisión).

Sigue leyendo para verlo nuevamente, pero ahora con subtítulos y de paso dime qué te pareció la traducción:

[Ve el video de TED: James Watson en cómo descubrió el ADN]
Recuerda activar los subtítulos en español

Este descubrimiento fue controversial, pero más controversia la que ha dado el señor Watson al hacer comentarios que se consideraron racistas.

Quizás ya chochea como leí en algún comentario, pero eso no le resta mérito a su descubrimiento que inició uno de los cambios científicos y tecnológicos más radicales del último siglo.

Para su fortuna ha vivido lo suficiente como para recibir un disco con su propio genoma (yo quiero el mío, grr). A pesar de todo lo anterior, esta plática es bastante interesante, así que la comparto nuevamente.

Esta semana estaré poniendo los videos a los que ya les puse subtítulos y que fueron revisados, así como los que tradujeron otros voluntarios y que yo revisé, incluyendo uno que podría tener clasificación C (sólo adultos).

No te lo puedes perder :p

Larva y capullo de neuroptera (video)

AleieX — Mon, 27 Aug 2007 03:37:42 +0000

009 – La Larva y El Capullo

Hace un par de semanas alguien llevó al laboratorio una curiosa colección de huevos de un insecto, al estar viéndolos al miscroscopio estereoscópico algo llamó más la atención: una larva haciendo “algo”. Aparentemente se trataba de huevos de alguna especie de insecto perteneciente a la familia Neuroptera cuyo nombre lo obtienen de la peculiar innervación en las alas (aunque realmente se trate de venas).

[Video de larva y capullo de Neuroptera (GoogleVideo) ]

[Video de larva y capullo de Neuroptera (Youtube) ]

Las pupas de esta familia se desarrollan en capullos de seda característicos (como viste en el video). Las larvas son campodeiformes (o sea que tienen forma aplanada y alargada) con mandíbulas largas y están activas; muchas son depredadoras. Si los bichitos que estaban en el laboratorio se desarrollan, en unas semanas sabremos si realmente se trataba de Neuroptera o de alguna otra familia pero para ello… habrá que esperar, mientras tanto mi apuesta va por Neuroptera

James Watson y los misterios del DNA

AleieX — Sun, 01 Jul 2007 05:26:04 +0000

007 – Aventureros del DNA: la historia contada por quien la escribió

Otra plática de TED (TED talks), James Watson, codescubridor de la estructura de doble hélice del DNA relata de forma inusualmente simpática cómo es que llegaron a la conclusión que cambió la historia de las ciencias biológicas y médicas en sólo pocos años.

Para ver la plática de James Watson “La doble hélice y los misterios actuales de DNA” (The double helix and today’s DNA mysteries) da click aquí.

Recientemente recibió un DVD con su genoma secuenciado, tal como bien comentó Evolutionibus hace poco.

[actualización: después de casi un año, puse el video directo desde TED]
[Otra actualización (2009): Ahora hay subtítulos en TED y traduje esta plática al español]

El Interior de la Célula: Xvivo

AleieX — Thu, 03 May 2007 23:14:46 +0000

001 – Breve visita al interior de la célula

Desde la secundaria los profes de biología hacen un gran esfuerzo para explicarnos qué es y cómo funciona una célula: que si el núcleo no sé qué, que si la mitocondria no sé cómo o que si el DNA no sé cuántos… pero imaginar algo tan pequeño es difícil con puras palabras y diagramitas, además los laboratorios de biología en secundaria y prepa no son tan interesantes como para ver células…

Xvivo es un estudio gráfico especializado en hacer animaciones para compañías farmacéuticas, médicas y biotecnológicas. El año pasado (2006) colaboraron con el departamento de biología celular y molecular de la universidad de Hardvard con una animación del interior de la célula, un extracto de 3 minutos se puede encontrar en su página, pero desde aquí puedes ver (aunque con menor calidad) esta premiada animación:

[Pícale para ver el video]

Como habrás visto, está lleno de cositas que se mueven y que interactúan entre sí. Casi podríamos imaginar un mundo extraterrestre con criaturitas misteriosas viviendo en él. Tal vez no recuerdas las clases de biología con esa maestra gruñona o con aquella que siempre llevaba jeans con un cochinito bordado, pero creo que algunos elementos de esta animación pueden haberte resultado familiares, ¿o no?

Una herramienta importante para transmitir el conocimiento es usar medios audiovisuales, en especial si no tenemos un microscopio a la mano o si los viejos libros de biología son colecciones de letras que simplemente… duermen, pero hay algo dentro de nosotros que fuciona aunque no estemos conscientes de ello y es tan fascinante como interesante.