Un Dragón En El Jardín » La Célula

GFAJ-1 o Por qué es Relevante Una Bacteria que Puede Incorporar Arsénico

AleieX — Mon, 06 Dec 2010 14:48:30 +0000

GFAJ-1 crece con Arsénico

Hace unos días la NASA anunció que revelaría un descubrimiento que revolucionaría la forma en que los astrobiólogos buscan vida en otros lugares del universo.

Por supuesto que esta declaración provocó un gran alboroto y muchas especulaciones en todo rincón de Internet, algunos incluso se aventuraron a sugerir que revelarían evidencia de alguna forma de vida fuera de la tierra o evidencia de reacciones bioquímicas en atmósferas lejanas y todo esto contribuyó a que las expectativas para el anuncio oficial se elevaran tanto que al revelarse la noticia pareciera que hubo una gran decepción entre quienes esperaban conocer a los extraterrestres y claro, “tal vez nos preparan para otra cosa” .

Lago Mono, donde se obtuvieron las muestras (Foto de NASA)

Lo que la NASA reveló fue el descubrimiento de la bacteria GFAJ-1, que tiene la particularidad de ser terrícola y de poder utilizar el Arsénico como sustituto para el Fósforo en su DNA, Lípidos y otras biomoléculas que son piezas clave para la vida como la conocemos y que dependen del Fósforo para “funcionar como funcionan“. Algo insólito para el resto de los terrícolas a los que nos hace daño el Arsénico.

Es importante mencionar que para llegar a este descubrimiento el equipo científico a cargo de la investigación cultivó la bacteria de la familia Halomonadaceae (y otras también de la misma zona)hallada en el lago Mono (Estados Unidos) en el laboratorio, a un grupo le sustituyeron los elementos disponibles en el medio de cultivo hasta concentraciones altas de Arsenato (Sales de Arsénico) y aún en este medio continuaron creciendo las colonias de bacterias.

Una bacteria que amplía nuestro conocimiento de la vida en la tierra y el universo

Bioquímicamente los organismos de la tierra utilizan seis elementos principales para formar sus biomoléculas: Carbono (C), Hidrógeno (H), Oxígeno (O), Nitrógeno (N), Fósforo (P) y Azufre (S), estos elementos tienen las características químicas que facilitan la formación de moléculas que, a su vez, permiten que la vida sea posible en todas las formas en que la conocíamos.

Uno de los postulados básicos de la biología es que todos los seres vivos están formados por células. Todas las células tienen una membrana que las separa del ambiente y permite que en su interior se lleven a cabo las reacciones necesarias para que ocurra la vida. Estas membranas están formadas por un tipo especial de lípidos llamados “Fosfolípidos” precisamente porque tienen Fósforo y es este elemento el que le da a los fosfolípidos la capacidad a la membrana de separar a la célula de su ambiente.

Los fosfolípidos le dan a la membrana celular gran parte de sus propiedades

Los ácidos nucleicos (DNA, RNA) son las biomoléculas que forman la base para que el genoma de un ser vivo funcione. Su estructura química es la de un polímero formado por “una base nitrogenada, un azúcar pentosa” y… adivina… … un grupo Fosfato cuyo elemento principal es el Fósforo.

El Fósforo es un elemento importante en la estructura del ADN

Y los anteriores son sólo dos ejemplos de la importancia del fósforo para la mayoría de los terrícolas, así que la relevancia de este hallazgo no es que GFAJ-1 pueda sobrevivir en un ambiente tóxico, eso lo pueden hacer otras especies de microorganismos, sino que incorpora este elemento, demostrando de esta forma que otras formas bioquímicas son posibles para que la vida se desarrolle exitosamente y esto es lo que revoluciona la forma en que se busca la vida fuera de nuestro planeta y también amplía la definición de la vida en la tierra.

Hasta que se hizo público este descubrimiento la búsqueda de vida extraterrestre estaba basada en la evidencia que tenemos de cómo es que la vida puede sobrevivir en el único lugar del universo donde hasta ahora sabemos con certeza que hay vida.

En ciencia ficción se ha propuesto más de una vez el que haya seres en otros mundos que tengan una bioquímica análoga a la nuestra, pero utilizando otros elementos; típicamente seres que usan silicio en vez de carbono, pero no era viable buscar a estos seres mitológicos si no teníamos evidencia sólida de que este tipo de seres pudiesen existir y por lo tanto la búsqueda estaba restringida a lo que se sabía que era posible.

Cómo buscar vida extraterrestre?

Para seguir entrando en contexto con lo que significa este descubrimiento, en TED han escogido cinco charlas sobre la búsqueda de vida extraterrestre que debes ver.

Así que como puedes ver, este hallazgo va más allá de los hombrecitos verdes, es una pieza clave en nuestra búsqueda por comprender la vida en la tierra que es la base que nos ayudará a buscar en los lugares adecuados donde podrían estar quienes cohabitan el universo junto con nosotros.

Más información:

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

AleieX — Fri, 29 Jan 2010 06:45:32 +0000

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

Accidentalmente me topé con BenchFly, un tipo de red social o quizás una sopa de videos para científicos. La idea es (según comprendo) crear una colección confiable de videos con técnicas, protocolos, tips y quizás hasta chistes enfocados a las ciencias de la vida (aunque quizás falte que algún ecólogo y varios físicos metan mano).

Así si un día dudas sobre la forma correcta de hacer algo en el laboratorio (lo cual es vital) podrías ver a alguien haciéndolo en vez de sólo consultar el protocolo que podría ser algo confuso si es tu primera vez (o si te quedaste solo en la noche y no hay algún sempai a quien preguntar).

Cómo cargar las muestras en un gel para electroforesis

Todavía faltan muchas técnicas, esto es demasiado nuevo como para cubrirlo todo (aunque “todo” es cercano a imposible :p) pero seguramente será muy útil para muchos (¡a mi me habría sido útil!).

Por ejemplo, apuesto a que la primera vez te habría gustado que alguien te explicara detalladamente cómo cargar tus muestras en un gel para hacer electroforesis, o tal vez cómo llenar la “cosa esa” donde va el gel o quizás el gel para electroforesis en sí.

Diluir lo diluído para tener... menos

Por el momento hay videos muy básicos, como aquel en el que explican cómo calibrar una micropipeta (el mejor amigo del biólogo molecular) o cómo hacer una dilución en serie (pero de las de verdad, no las homeopáticas), aunque puedes encontrar algunos tan avanzados como ese en el que explican cómo dejar un comentario… bueno, ¡hasta los científicos deben saber dejar comentarios! o si no no podrían ayudarnos a salvar al mundo o… o… lo que sea que hagan.

Probablemente te sorprendas al descubrir que todo está en inglés, pero mientras no haya más hispanoparlantes dispuestos a hablar español tendremos que seguir intentando entendernos con las lenguas de otros.

¡Ah! también se supone que debería haber videos con consejos sobre la vida pero… parece que todavía están trabajando en ello o lo más seguro es que nadie sepa lo suficiente como para atreverse a hablar al respecto y algo más que puedes encontrar son videos ociosos/chistosos pero para no perder el ritmo… todavía falta que se acumulen un poco más.

Echinodermata: La vida secreta de los erizos

AleieX — Sat, 22 Nov 2008 04:54:24 +0000

Clypeaster subdepressus

Vía auraelena/transmissions/ me topé con este interesante video sobre la vida de un… sea biscuit (Clypeaster subdepressus) que es un animal perteneciente al grupo de los Equinodermos (phylum echinodermata) al que pertenecen los erizos y los pepinos de mar.

Como podrás ver en unos segundos se resume la vida de uno de estos organismos, desde que se une un espermatozoide al óvulo hasta que… bueno, quizás no sea el resumen de toda su vida, pero sí podrás ver todas las fases de su desarrollo.

Disfrutad:

A Sea Biscuit’s Life from Bruno Vellutini on Vimeo.

Codigo Genetico Vs Genoma

AleieX — Thu, 23 Aug 2007 01:50:30 +0000

008 – No es lo mismo decir lo que se piensa que pensar lo que se dice

Para muchos ya no es sorprendente escuchar en las noticias si tal o cual enfermedad “está en el código genético” o escuchar frases como “comparamos el código genético de la sangre que encontramos con una muestra del sospechoso y son idénticos” en los programas de detectives pero… estas frases no son tan certeras como suenan ni se aproximan al sentido que se le quiere dar, eso es porque lo que los medios de comunicación llaman “código genético” en realidad debería llamarse “genoma” ya que no es lo mismo “huele a traste” que “atrás te huele”.

El total de la información genética que lleva una célula o un organismo es lo que en biología se conoce como genoma, en los medios de comunicación no especializados rara vez se le llama de esta forma puesto que, como ya te mencioné, lo común es que le digan “el código genético” pero si el genoma no es el código genético… entonces ¿qué es esto último?

Se trata precisamente de un código (doh!), es decir, una clave en la que una secuencia de tres nucleótidos (codón) en el DNA (o RNA, en realidad) corresponde a un aminoácido específico en una proteína, mientras que el genoma son las instrucciones para hacer toda la célula o todo el organismo, pero escritas en esta clave.

El genoma se “escribe” con cuatro bases nitrogenadas que en el DNA son las famosas Adenina, Guanina, Citocina y Timina (que en el RNA se sustituye por Uracilo) y que por consenso se abrevian A, G, C y T (U); usando tres de éstas se puede interpretar lo que “dice” el DNA de la célula, usando como referencia el código genético que incluso tiene una combinación (AUG) que significa “empieza aquí” (codón de inicio) y que también es la clave para el aminoácido llamado Metionina y a partir de ahí se van agregando más aminoácidos conforme se vaya “leyendo” el genoma CON el código genético hasta llegar a una de tres secuencias que significan “aquí termina” (codón de terminación: UAA, UAG, UGA). Normalmente se escriben con U porque el DNA (que tiene dos cadenas que “embonan”) primero se copia a RNA de una cadena (transcripción) y este RNA es lo que la célula “lee” para traducir y hacer la proteína (traducción) usando el famoso código.

El código genético es el mismo para casi todos los organismos (con algunas excepciones), por lo que cualquier célula podría “leer el DNA” de una célula de otro organismo aunque… obviamente en la naturaleza no ocurre esto y en el laboratorio no siempre se puede por distintas razones.

Ahora que ya distingues entre genoma y código genético, te presento (en exclusiva para UnDragon.NET) una tabla con el código genético *aplausos*

La forma de utilizarla es muy simple: lee la primera letra en la izquierda de la tabla, la segunda arriba y la tercera a la derecha; de esta forma habrás leído un codón en el genoma y la pieza de la proteína que corresponde al codón que leíste es el aminoácido que te indica (están abreviados, pero eso… no es importante por ahora).

En realidad ya te había enseñado el código genético, el círculo que está después del doblez es otra forma de representarlo y se lee desde adentro hacia afuera; la primera letra es una de las centrales, la segunda es una de las de enmedio y la tercera la más distante al centro y el cuarto círculo tiene la traducción de esa combinación.

Ahora sí, la próxima vez que no sepas qué conversar durante la sobremesa con tus suegros podrás remarcar cómo es que la tele no sabe la diferencia entre genoma y código genético, además parecerás intelectual.

MBoC4-tributo a sgt pepper

AleieX — Sat, 02 Jun 2007 06:15:57 +0000

002 – Tributo a Sgt. Pepper Lonely Hearts Club Band: MBoC4

El 1 de Junio de 1967 fue lanzado el álbum Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band, un grandioso disco del grupo británico The Beatles y como escribió Tere: Nada en la industria discográfica volvió a ser igual. La portada de este disco es tan famosa que ha sido imitada como tributo o parodia en varias ocasiones (incluso en los simpsons) y esta vez te presento uno de estos tributos:

La contraportada del libro “Molecular Biology of The Cell” (Alberts et al), un afectuoso tributo al trabajo del fotógrafo Peter Blake (quien hizo la original) en donde se puede ver a los autores del libro posando como The Beatles y, al igual que en la portada del Sargento Pimienta, se encuentran rodeados de rostros de famosos, aunque en este caso son famosas personalidades de la ciencia como Charles Darwin, Rosalind Franklin, Marie Curie, Albert Einstein y también varios detallitos como un par de ovejas (clones?), las ediciones anteriores del libro o flores acomodadas como doble hélice.

Un grandioso tributo para un grandioso álbum musical.

El Interior de la Célula: Xvivo

AleieX — Thu, 03 May 2007 23:14:46 +0000

001 – Breve visita al interior de la célula

Desde la secundaria los profes de biología hacen un gran esfuerzo para explicarnos qué es y cómo funciona una célula: que si el núcleo no sé qué, que si la mitocondria no sé cómo o que si el DNA no sé cuántos… pero imaginar algo tan pequeño es difícil con puras palabras y diagramitas, además los laboratorios de biología en secundaria y prepa no son tan interesantes como para ver células…

Xvivo es un estudio gráfico especializado en hacer animaciones para compañías farmacéuticas, médicas y biotecnológicas. El año pasado (2006) colaboraron con el departamento de biología celular y molecular de la universidad de Hardvard con una animación del interior de la célula, un extracto de 3 minutos se puede encontrar en su página, pero desde aquí puedes ver (aunque con menor calidad) esta premiada animación:

[Pícale para ver el video]

Como habrás visto, está lleno de cositas que se mueven y que interactúan entre sí. Casi podríamos imaginar un mundo extraterrestre con criaturitas misteriosas viviendo en él. Tal vez no recuerdas las clases de biología con esa maestra gruñona o con aquella que siempre llevaba jeans con un cochinito bordado, pero creo que algunos elementos de esta animación pueden haberte resultado familiares, ¿o no?

Una herramienta importante para transmitir el conocimiento es usar medios audiovisuales, en especial si no tenemos un microscopio a la mano o si los viejos libros de biología son colecciones de letras que simplemente… duermen, pero hay algo dentro de nosotros que fuciona aunque no estemos conscientes de ello y es tan fascinante como interesante.