Un Dragón En El Jardín » Biología Molecular

El Genoma del Cacao ya está disponible

AleieX — Fri, 01 Oct 2010 16:04:01 +0000

Genoma del cacao: Secuenciado!

Más sobre el cacao, la planta de la que sale el chocolate: El pasado 15 de Septiembre se publicó en línea la secuencia del genoma del cacao disponible a todo el público. El esfuerzo por secuenciar el genoma de esta planta estuvo impulsado por una compañía que sin duda tiene mucho interés en saberlo todo sobre esta planta: Mars Inc., los mismos que hacen los M&M’s, el Milkyway y otras delicias; aunque también está involucrado el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos y como en otras ocasiones, también IBM y algunas Universidades.

La información publicada en el sitio oficial aún se encuentra en forma “cruda” y los investigadores siguen trabajando en el proyecto, sin embargo aseguran que es completamente funcional, además tal como lo mencionan en el mismo sitio, el publicar la versión preeliminar evitará que se realicen patentes sobre algún gen o el genoma completo, de forma que los criadores, agricultores e investigadores puedan tener acceso a la información.

Semillas de Theobroma cacao

Así es como Theobroma cacao se une al club de los secuenciados, junto con otras plantas de importancia comercial como el maíz o el arroz. Los “beneficios” que aporta este tipo de investigaciones, además del placer del conocimiento, es que de esta forma se pueden llevar a cabo otro tipo de proyectos en otras áreas del conocimiento y de la tecnología como clarificar la historia evolutiva de esta planta; al continuar con la caracterización del genoma se pueden identificar genes de importancia agrícola que permitan a los criadores seleccionar plantas que resistan a las sequías y mucho más.

Vía:

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

AleieX — Fri, 29 Jan 2010 06:45:32 +0000

BenchFly: Técnicas de laboratorio y de vida

Accidentalmente me topé con BenchFly, un tipo de red social o quizás una sopa de videos para científicos. La idea es (según comprendo) crear una colección confiable de videos con técnicas, protocolos, tips y quizás hasta chistes enfocados a las ciencias de la vida (aunque quizás falte que algún ecólogo y varios físicos metan mano).

Así si un día dudas sobre la forma correcta de hacer algo en el laboratorio (lo cual es vital) podrías ver a alguien haciéndolo en vez de sólo consultar el protocolo que podría ser algo confuso si es tu primera vez (o si te quedaste solo en la noche y no hay algún sempai a quien preguntar).

Cómo cargar las muestras en un gel para electroforesis

Todavía faltan muchas técnicas, esto es demasiado nuevo como para cubrirlo todo (aunque “todo” es cercano a imposible :p) pero seguramente será muy útil para muchos (¡a mi me habría sido útil!).

Por ejemplo, apuesto a que la primera vez te habría gustado que alguien te explicara detalladamente cómo cargar tus muestras en un gel para hacer electroforesis, o tal vez cómo llenar la “cosa esa” donde va el gel o quizás el gel para electroforesis en sí.

Diluir lo diluído para tener... menos

Por el momento hay videos muy básicos, como aquel en el que explican cómo calibrar una micropipeta (el mejor amigo del biólogo molecular) o cómo hacer una dilución en serie (pero de las de verdad, no las homeopáticas), aunque puedes encontrar algunos tan avanzados como ese en el que explican cómo dejar un comentario… bueno, ¡hasta los científicos deben saber dejar comentarios! o si no no podrían ayudarnos a salvar al mundo o… o… lo que sea que hagan.

Probablemente te sorprendas al descubrir que todo está en inglés, pero mientras no haya más hispanoparlantes dispuestos a hablar español tendremos que seguir intentando entendernos con las lenguas de otros.

¡Ah! también se supone que debería haber videos con consejos sobre la vida pero… parece que todavía están trabajando en ello o lo más seguro es que nadie sepa lo suficiente como para atreverse a hablar al respecto y algo más que puedes encontrar son videos ociosos/chistosos pero para no perder el ritmo… todavía falta que se acumulen un poco más.

TED Talks: James Watson en cómo descubrió el ADN

AleieX — Tue, 16 Jun 2009 16:35:24 +0000

James Watson en TED

En las primeras entradas de este blog, por ahí de Junio de 2007, te mostré el video de la charla TED de James Watson, codescubridor de la estructura del ADN en la que relata cómo fue que llegaron a hacer el descubrimiento.

Ahora TED introdujo un programa de traductores voluntarios para ponerle subtítulos a sus charlas y así hacer más fácil su distribución.

Ya que soy asiduo visitante de TED y como me encantan estas pláticas, decidí inscribirme al programa, me convertí en traductor oficial y traduje (doh!) este video tan interesante (y otros que están en proceso de revisión).

Sigue leyendo para verlo nuevamente, pero ahora con subtítulos y de paso dime qué te pareció la traducción:

[Ve el video de TED: James Watson en cómo descubrió el ADN]
Recuerda activar los subtítulos en español

Este descubrimiento fue controversial, pero más controversia la que ha dado el señor Watson al hacer comentarios que se consideraron racistas.

Quizás ya chochea como leí en algún comentario, pero eso no le resta mérito a su descubrimiento que inició uno de los cambios científicos y tecnológicos más radicales del último siglo.

Para su fortuna ha vivido lo suficiente como para recibir un disco con su propio genoma (yo quiero el mío, grr). A pesar de todo lo anterior, esta plática es bastante interesante, así que la comparto nuevamente.

Esta semana estaré poniendo los videos a los que ya les puse subtítulos y que fueron revisados, así como los que tradujeron otros voluntarios y que yo revisé, incluyendo uno que podría tener clasificación C (sólo adultos).

No te lo puedes perder :p

Tiranosaurios, Gallinas y Confusión

AleieX — Mon, 28 Apr 2008 02:53:44 +0000

Recientemente la revista Science publicó un artículo en el que los investigadores compararon fragmentos extraídos de la proteína colagenasa de fósiles de Tiranosaurio y mamut, con la secuencia de proteínas similares que se encuentran en animales actuales; entre ellos la secuencia de la gallina y del avestruz.

Para variar, los medios no especializados distribuyeron la noticia como teléfono descompuesto, de forma que lo interesante de este estudio quedó en segundo (o tercero?) plano y todo terminó tan revuelto que las noticias ya no vienen al caso.

Pensaba poner algunas muestras de cómo es que tan solo un titular puede cambiar el sentido de una investigación seria, pero me encontré con que ElPaleoFreak se encargó de hacerlo maravillosamente, además incluyó una sección con Preguntas de Uso Frecuente (PUF o FAQ) que aclara la situación completamente, te recomiendo que le eches un vistazo.

Codigo Genetico Vs Genoma

AleieX — Thu, 23 Aug 2007 01:50:30 +0000

008 – No es lo mismo decir lo que se piensa que pensar lo que se dice

Para muchos ya no es sorprendente escuchar en las noticias si tal o cual enfermedad “está en el código genético” o escuchar frases como “comparamos el código genético de la sangre que encontramos con una muestra del sospechoso y son idénticos” en los programas de detectives pero… estas frases no son tan certeras como suenan ni se aproximan al sentido que se le quiere dar, eso es porque lo que los medios de comunicación llaman “código genético” en realidad debería llamarse “genoma” ya que no es lo mismo “huele a traste” que “atrás te huele”.

El total de la información genética que lleva una célula o un organismo es lo que en biología se conoce como genoma, en los medios de comunicación no especializados rara vez se le llama de esta forma puesto que, como ya te mencioné, lo común es que le digan “el código genético” pero si el genoma no es el código genético… entonces ¿qué es esto último?

Se trata precisamente de un código (doh!), es decir, una clave en la que una secuencia de tres nucleótidos (codón) en el DNA (o RNA, en realidad) corresponde a un aminoácido específico en una proteína, mientras que el genoma son las instrucciones para hacer toda la célula o todo el organismo, pero escritas en esta clave.

El genoma se “escribe” con cuatro bases nitrogenadas que en el DNA son las famosas Adenina, Guanina, Citocina y Timina (que en el RNA se sustituye por Uracilo) y que por consenso se abrevian A, G, C y T (U); usando tres de éstas se puede interpretar lo que “dice” el DNA de la célula, usando como referencia el código genético que incluso tiene una combinación (AUG) que significa “empieza aquí” (codón de inicio) y que también es la clave para el aminoácido llamado Metionina y a partir de ahí se van agregando más aminoácidos conforme se vaya “leyendo” el genoma CON el código genético hasta llegar a una de tres secuencias que significan “aquí termina” (codón de terminación: UAA, UAG, UGA). Normalmente se escriben con U porque el DNA (que tiene dos cadenas que “embonan”) primero se copia a RNA de una cadena (transcripción) y este RNA es lo que la célula “lee” para traducir y hacer la proteína (traducción) usando el famoso código.

El código genético es el mismo para casi todos los organismos (con algunas excepciones), por lo que cualquier célula podría “leer el DNA” de una célula de otro organismo aunque… obviamente en la naturaleza no ocurre esto y en el laboratorio no siempre se puede por distintas razones.

Ahora que ya distingues entre genoma y código genético, te presento (en exclusiva para UnDragon.NET) una tabla con el código genético *aplausos*

La forma de utilizarla es muy simple: lee la primera letra en la izquierda de la tabla, la segunda arriba y la tercera a la derecha; de esta forma habrás leído un codón en el genoma y la pieza de la proteína que corresponde al codón que leíste es el aminoácido que te indica (están abreviados, pero eso… no es importante por ahora).

En realidad ya te había enseñado el código genético, el círculo que está después del doblez es otra forma de representarlo y se lee desde adentro hacia afuera; la primera letra es una de las centrales, la segunda es una de las de enmedio y la tercera la más distante al centro y el cuarto círculo tiene la traducción de esa combinación.

Ahora sí, la próxima vez que no sepas qué conversar durante la sobremesa con tus suegros podrás remarcar cómo es que la tele no sabe la diferencia entre genoma y código genético, además parecerás intelectual.